Rad Varaždinske županije organiziran je u 10 Upravnih odjela: Upravni odjel za poslove župana, Upravni odjel za gospodarstvo, regionalni razvoj i europske integracije, Upravni odjel za poljoprivredu, Upravni odjel za prostorno uređenje i graditeljstvo, Upravni odjel za zaštitu okoliša, promet i komunalno gospodarstvo, Upravni odjel za prosvjetu, Upravni odjel za zdravstvenu zaštitu i socijalnu skrb, Upravni odjel za proračun i javnu nabavu, Upravni odjel za poslove Skupštine i opće poslove i Služba za unutarnju reviziju.